Der Standort des ZLN liegt auf dem Betriebsgelände des Kernkraftwerkes Greifswald im Gebiet der Gemeinde Rubenow, Landkreis Ostvorpommern. Der Greifswalder Bodden im Norden und die Spandowerhagener Wiek im Osten sind mit ihren Küstenlinien ca. 1 bis 2 km vom Lagergebäude entfernt.
Die Zwischenlagerung der Kernbrennstoffe, der radioaktiven Reststoffe und Abfälle erfolgt in acht Lagerhallen, die stirnseitig über eine Verladehalle miteinander verbunden sind.
Das Lagergebäude umfasst:
Im Lagerbereich erfolgt eine strenge Trennung für die Aufbewahrung von Kernbrennstoffen in CASTOR-Behältern in der Halle 8 und die Lagerung von radioaktiven Reststoffen und Abfällen in den Hallen 1 - 7.
Das Lagergebäude ist aus Stahlbeton hergestellt, wobei sowohl Fertigelemente als auch Ortbeton verwendet wurden. Die Außenwände sind 70 cm, die Innenwände 30 cm und das Dach ca. 55 cm stark. Der Lagerbereich hat folgende Hauptabmessungen:
| Länge: | ca. 200 m |
| Breite: | ca. 140 m |
| Gebäudehöhe: | ca. 18 m |
Der Lagerbereich ist durch Wände bzw. Stützenreihen in Lagereinheiten aufgeteilt. Die nutzbare Fläche des Lagerbereiches beträgt ca. 20.000 m², die nutzbare Höhe ca. 10 m. Die vorgesehenen Lagervolumina sind den Bedürfnissen aus der Stilllegung der KKW Greifswald und Rheinsberg angepasst.
Die Halle 8 gehört zum Transportbehälterlager und dient der Aufbewahrung von Kernbrennstoffen.
In den Hallen 6 und 7 werden überwiegend Großkomponenten gelagert. Die Hallen 1-5 können alle Arten von Reststoffen aufnehmen.
Die Landessammelstelle für radioaktive Materialien für Mecklenburg-Vorpommern und Brandenburg befindet sich in der Halle 1 in einem abgetrennten Bereich.
In der Verladehalle erfolgt die Annahme ankommender Transport- und Lagerbehälter, Lagerbehälter, Container oder Großkomponenten. In die Verladehalle führen ein Doppelgleisanschluss und eine Schwerlaststraße für LKW. Im Bereich von Ein- und Ausfahrt sind Schleusen vorhanden.
Der Konditionierungsbereich ist in einzelne Räume, die sogenannten Caissons, unterteilt. Er hat eine Grundfläche von 2.450 m². In diesen Caissons sind die technischen Anlagen für die Konditionierung, also der Bearbeitung von festen und flüssigen radioaktiven Reststoffen, eingebaut.
Der Caisson 1 ist mit einer Verdampferanlage zur Aufbereitung der im ZLN anfallenden radioaktiven Wässer ausgerüstet.
Im Caisson 2 stehen die Hochdruckpresse "Fakir" und die Pellettrocknungsanlage "Petra" für die Konditionierung zur Verfügung. Mit der "Fakir" werden radioaktive Abfälle, die in Presstrommeln, in 200-l-Fässern oder lose in Säcken verpackt sind, zur Volumenreduzierung mit einer Presskraft von 12.000 kN gepresst. Die entstehenden Pellets werden in 200-l-Fässern verpackt und bei Bedarf getrocknet. Dies erfolgt mit der 16-Fass-Trocknungsanlage "Petra" nach dem Vakuumtrocknungsprinzip. Die entstehenden Gebinde sind zwischen- und endlagerfähig und werden in 20'-Container verpackt.
Der Caisson 3 ist ausgerüstet mit der Schrottschere "Mars" und einer Zerlegekabine für thermische Trennverfahren.
Mit der Schrottschere "Mars" werden metallische Reststoffe (Rohre, Profile, Bleche) zerschnitten und über ein Plattenband zu dem zu befüllenden 200-l-Fass geführt. In der Zerlegekabine werden metallische Reststoffe mittels thermischer Trennverfahren zerlegt. Aufgrund der höheren Staub- und Aerosolfreisetzung besitzt die Zerlegekabine eine separate Absaugung.
Im Caisson 4 werden mit einer überdimensionalen Bandsäge Großkomponenten (wie z.B. Dampferzeuger und andere Wärmetauscher) zerlegt. Die Bandsäge hat eine Schnittbreite von 4.000 mm, eine Schnitthöhe von 4.400 mm und eine Schnitttiefe von 800 mm. Durch das schwenkbare Sägeband sind sowohl horizontale wie auch vertikale Schnitte möglich.
Der Caisson 5 steht für die Abfertigung bzw. Wartung von Transport- und Lagerbehältern Typ CASTOR zur Verfügung.