Der Standort des ZLN liegt auf dem Betriebsgelände der Energiewerke Nord GmbH in der Gemeinde Rubenow, Landkreis Vorpommern-Greifswald. Der Greifswalder Bodden im Norden und die Spandowerhagener Wiek im Osten sind mit ihren Küstenlinien ca. 1 bis 2 km vom Lagergebäude entfernt. Mit mehr als sieben Metern über dem Meeresspiegel sind die Unterbauten der Hallenbreiche ausreichend hoch gegen Hochwasser und ostseetypische Fluten angeordnet und geschützt.
Die Zwischenlagerung der Kernbrennstoffe, der radioaktiven Reststoffe und Abfälle erfolgt in acht Lagerhallen, die stirnseitig über eine Verladehalle miteinander verbunden sind.
Das Lagergebäude umfasst:

Das Lagergebäude ist aus Stahlbeton hergestellt, wobei sowohl Fertigelemente als auch Ortbeton verwendet wurden. Die Außenwände sind 70 cm, die Innenwände 30 cm und das Dach ca. 55 cm stark. Der Lagerbereich hat folgende Hauptabmessungen:
| Länge: | ca. 200 m |
| Breite: | ca. 140 m |
| Gebäudehöhe: | ca. 18 m |
Der Lagerbereich ist durch Wände bzw. Stützenreihen in Lagereinheiten aufgeteilt. Die nutzbare Fläche des Lagerbereiches beträgt ca. 20.000 m², die nutzbare Höhe ca. 10 m. Die vorgesehenen Lagervolumina sind den Bedürfnissen aus der Stilllegung der KKW Greifswald und Rheinsberg angepasst.
In den Hallen 6 und 7 werden aufgrund der Krankapazitäten überwiegend Großkomponenten und in den Hallen 1 bis 5 bevorzugt Container aller Art eingelagert. Die Halle 8 dient der Aufbewahrung von Kernbrennstoffen und kernbrennstoffhaltigen radioaktiven Abfällen.
Transportbehälterlager des ZLN
Die Aufbewahrung der Kernbrennstoffe und der brennstoffhaltigen radioaktiven Abfälle erfolgt auf der Grundlage des Atomgesetzes (AtG) und wurde vom Bundesamt für Strahlenschutz im Auftrag des Bundesumweltministerium genehmigt.
Abfalllager des ZLN
Die Zwischenlagerung und die Bearbeitung sonstiger radioaktiver Stoffe unterliegen dem Genehmigungsbereich der Strahlenschutzverordnung (StrlSchV). Hier erfolgt die Genehmigung duch das zuständige Ministerium des Landes Mecklenburg-Vorpommerns.