Der Reaktor des MZFR besaß eine Masse von 403 Mg, war ca. 7,6 m hoch und hatte einen Durchmesser von etwa 4,6 m. Die Demontage und Zerlegung des Reaktors inklusive aller Einbauten erfolgte fernbedient.
Stabförmige Reaktoreinbauten wie Kühlkanäle, Regelstäbe, Führungsrohre etc. wurden unzerlegt fernbedient demontiert, zur HDB transportiert und dort mit Hydraulikscheren zerlegt. Einige nicht ziehbare Kühlkanäle mussten alternativ vor Ort unter Wasser mit einer speziellen Hydraulikschere zerlegt werden. Massive Komponenten wie RDB-Deckel, Verdrängungskörper („Füllkörper“) und Füllkörperring wurden mit einer Bandsäge zerteilt. Der Moderatortank und der Thermische Schild (Dicke bis zu 127 mm) wurden unter Wasser mit einem speziellen Plasmabrenner zerlegt. Für den unteren Teil des Thermischen Schildes musste aufgrund dessen Dicke und Bauteilgeometrie das Sonderschneid-verfahren CAMC („Contact-Arc-Metal-Cutting“) eingesetzt werden. Der zweiteilige untere Füllkörper wurde komponentenweise gezogen, mit der Bandsäge an Luft zerlegt und verpackt.
Zuletzt wurde der 98 Mg schwere Reaktordruckbehälter selbst mit Hilfe einer Litzenheberanlage angehoben und mittels Autogenbrenner und Bandsäge vor Ort in behältergerechte Stücke zerlegt und verpackt. Durch Zerlegung des Reaktordruckbehälters und dessen Einbauten konnte das MZFR-Aktivitätsinventar auf unter ein Prozent reduziert werden.